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计算机学院是在1980年设立的本科计算机专业的基础上发展起来的。1980年9月开始面向全国招收了第一批计算机应用专业本科生,1981年开始招收计算机应用技术硕士研究生。1984年5月设立的电子计算机系。2000年7月,为适应信息学科快速发展的需要,成立计算机学院。

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吕建院士领导的南京大学计算机软件新技术国家重点实验室2007、2012、2017 连续三次获评优秀,名列全国计算机领域第一

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